基因组所生物信息高机能推算机正式投入使用
随着中科院北京基因组钻研所第二代测序仪陆续投入使用,海量的数据日益产出,原有基因组所的推算能力和数据存储能力已经远远不能满足新的需要,为此,2008年10月基因组所启动了采购打算。2009年2月下旬,基因组所生物信息高机能推算机到位,经过严重的装置调试,已正式投入使用。这次选用的海潮服务器,属于国产自主品牌高机能推算系统,其运算分析能力达到每秒10万亿次,数据存储能力达到400TB,随着高机能推算系统的投入使用,加之2008年,3台SOLiDTM系统基因分析仪的装置运行,基因组地点硬件环境系统执行了更新换代,全力搭建的基因组测序和生物信息处置平台初步实现。
基因组学是当现代界上发展最快的学科之一,作为基础科学钻研,对于先进的科学仪器的要求尤为凸起,科学仪器和技术步骤的突破往往是沉大科学原始创新的先导,高通量测序仪和高机能的生物信息处置器是基因组学钻研的沉要工具和伎俩,进入21世纪,陪伴着性命科学的飞快进展,科学仪器每年都在产生拥有革命性的变动。
2月6日,随着大型推算机的到位,基因组所的工作人员起头紧锣密鼓的设计与装置系统,初步实现了推算集群硬件和软件的装置,目前已经进入整个系统测试和调优阶段,该大型推算机打算在2月底将全数投入使用。这次到位的高机能集群式服务器重要选取了海潮的刀片服务器以及存储,分为推算节点和存储节点两部门:推算部门选取12台刀片中心,配置了112片刀片,每颗刀片配置了两颗2.83G Intel Xeon 5440 CPU,有92片配置了16GB 内存,20片配置了32GB内存并配置了infiniband 高快互换网络,总体的运算快率达到10万亿次/秒。存储部门选取9套48 TB的盘阵,达到432 TB的总容量,满足海量生物数据存储的需要。网络部门集中了万兆、千兆、Infiniband、FC等多种网络环境搭建而成。系统将集群监控软件、生物信息软件、数据库等集成,组成高机能生物信息专用集群系统。
2008年引进的SOLiDTM (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection)的高通量测序系统。其每轮运行能够产生超过30亿碱基(相当于一幼我类基因组全序列)的可定位数据?啥远嘀志杲屑吒哺嵌鹊牟庑蚍治;可能对蕴含特殊疾病或者药物表型等在内的齐全基因进行精确的序列分析;也能用于高通量的基因表白钻研,而其成本和功夫亏损大大低于传统测序技术。出格是在发展靶基因沉测序钻延注基因表白分析、MicroRNA(非编码幼分子RNA)的发现、染色质免疫共沉淀钻研以及其它物种全基因组序列测定等有关钻研方面将赐与壮大的支持。
基因组所作为北郊性命科学园区的主题团队成员,将充分阐扬高通量测序仪和高机能生物信息处置系统平台的作用,积极发展与兄弟院所宽泛的互换和科研项目合作。成立信息沟通和共享机造,成立科研技术人员的互换平台,致力营造盛开、共享的尝试钻研环境。目前,基因组所的高通量测序仪和高机能生物信息处置推算机已经被列入北京性命科学大型仪器共享系统,执行平台资源共享。






