GA黄金甲

2010年第3期《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)共颁发五篇钻研性文章，综述及步骤各一篇。杰出内容，不容错过。

封面文章：牛核仁的蛋白质组学分析

核仁是真核细胞中最凸起的亚核结构，其职能和蛋白组成至今仍未钻研透辟。来自加拿大的Tikoo 钻研幼组通过对对牛核仁进行分离提纯，LC-MS/MS分析，以及数据库比对，鉴定出了311种牛核仁蛋白，其中有22种蛋白初次在核仁蛋白质组分析中被发现。钻研批注，这些蛋白不仅与核糖体生物合成有关，还参加了细胞内转录，翻译，翻译后调节，运输，结构组织和细胞周期调控等多项性命活动。

H1N1钻研综述，以及H1N1非结构性蛋白结构与职能的有关性钻研

2009年肆虐全球的甲型H1N1病毒是本期杂志的关注沉点之一。来自中南大学的张丽军等以综述的大局回首了高通量转录组学和蛋白质组学步骤在甲型H1N1病毒的临床诊断与医治，以及习染机理钻研等方面阐扬的沉大作用，为节造H1N1病毒传布提供了理论凭据。另表，来自印度的Salahuddin 和Khan通过对H1N1的两种非结构蛋白NS1，NS2的突变分析，发现当突变影响到这两种蛋白的职能时，H1N1的致病性强度也随之产生扭转，反之亦然。这一了局注定了在病毒中蛋白结构与职能的有关性，也为H1N1疫苗的研造提供了援手。

一种钻研分歧脑膜炎双球菌克隆群间遗传差距的新步骤

脑膜炎双球菌Neisseria meningitidis能引起脑膜炎和败血病，严沉风险人类健全。由于分歧的脑膜炎双球菌克隆群拥有分歧的盛行病学特点，因而，分析分歧克隆群的遗传组成差距变自得义沉大。来自加拿大的Cuff钻研幼组，利用一种基于基因组结构点图的新步骤，通过对菌株Z2491和M58全基因组的分析和比对，发现MC58的致病基因更偏差散布于染色体的易位区，尤其是反向互补配对区域和共线性区域的衔接处，而Z2491则偏差散布于共线性区域。这种偏差性的发现将有利于对脑膜炎双球菌致病基因的寻找，及对其致病机理的深刻钻研。

转录滋扰对U6启动子活性的调控

一种组分对另一种组分的转录活性的直接负面影响，被称为转录滋扰。GA黄金甲的聂凌虎等人发现，RNA过问载体中的U6启动子，其启动活性会受到邻近的启动子的影响，且影响的强杜纂其邻近启动子的种类，以及分列方式有关。这一发现对构建RNA过问载体时启动子和加强子的选择提供了有价值的参考定见。

蛋白质第二位氨基酸也有特殊偏好性

绝大无数的蛋白都是以AUG为肇始密码子，以甲硫氨酸作为初始氨基酸已是一个不争的事实。那么，蛋白质的第二位氨基酸是否也拥有特殊的偏好性呢
？来自以色列的Shemesh等人通过度析大量物种的蛋白质序列发现这衷飓好性居然存在，并且随着进化而不休的扭转：在原核生物中，偏差于使用赖氨酸作为第二位氨基酸，在低等真核生物中，则偏心丝氨酸，而到了高档动植物，丙氨酸又成为了最佳候选。蛋白质第二位氨基酸的偏好性是否对蛋白的表白，不变性以及职能有影响
？它是否能作为职能和进化预测的工具
？有待更深刻的钻研。

检测基因表白个性的新算法

在分歧的尝试前提下发现拥有类似性的基因是鉴定拥有沉大生物学意思基因的第一步。由于基因芯片尝试产生的数据量极度巨大，导致基因表白数据通常以线性方式出现。然而，由于基因间存在相互作用，芯片数据并不是线性的。为解决这一问题，在本期的步骤学文章中，来自西班牙的Reverter等人介绍了一种能将kernel principal component analysis (KPCA) 和 Biplot结合起来检测基因表白个性的算法。这一算法不仅保障了数据的非线性个性，还有利于在输出显示时保留输入变量。作者通过对结肠癌，白血病，以及淋巴癌数据集的检验，显示新的算法能够很好的揭示基因表白个性的潜在结构，并为基因与样品间的互有关系提供一种更为直观的意识。

本期的网上全文能够在Elsevier出版集团的ScienceDirect数据库(www.sciencedirect.com/science/journal/16720229)中浏览下载，同时迎接引用、投稿。