基因组所多职能转录因子CTCF国际合作钻研获新进展
近日 ，由中科院北京基因组钻研所沉大疾病基因组与个别化医疗尝试室方向东钻研员项目组助理钻研员渠鸿竹博士等合作发展的多职能转录因子CTCF（CCCTC结合因子-binding factor, CTCF）在染色质DNA上的结合与DNA甲基化之间互有关系钻研获得新进展 ，有关学术论文在最新一期的《Genome Research》杂志颁发 ，该成就将有助于科研人员加深对CTCF转录因子调控机造的理解和意识。
由于CTCF在真核生物中的宽泛表白 ，其结合模式一向被以为在多种细胞类型之间维持不变。但最新钻研批注：在分歧的细胞类型之间 ，CTCF在特定位点的结合模式与结合水平是变动的。体表尝试已经证明CTCF结合水平的变动与DNA甲基化程杜仔关 ，只是现阶段仍短缺体内试验的有关证据。在分歧细胞类型之间CTCF结合能力变动水平、以及该变动与DNA甲基化之间的关系至今尚未论述明显。
渠鸿竹博士和华盛顿大学美国国立卫生钻研院西北注解表观基因组画图中心(Northwest Reference Epigenome Mapping Center ，NIH)主任、华盛顿大学基因组学系副教授John A. Stamatoyannopoulis博士所辅导尝试室的工作人员通过近三年钻研 ，选取基于新一代高通量测序平台的染色质免疫沉淀测序技术(ChIP-Seq) ，获得了12种人类正常细胞和7种肿瘤细胞在全基因组水平的CTCF结合模式图谱。通过系统的生物信息学比力分析发现：64％的CTCF结合位点至少在一种细胞中不结合CTCF。尤为沉要的是 ，这些特异的位点结合模式能够将正常细胞与肿瘤细胞分辨隔来。通过进一步分析13种细胞的甲基化DNA捕获测序数据 ，比力有变动的CTCF结合位点处CTCF结合程杜纂染色质DNA甲基化状态的变动法规 ，了局发现：41％的CTCF结合变动位点拥有分歧的甲基化状态 ，并且甲基化变动集中在CTCF鉴别序列内部2个沉要的核苷酸地位。并且 ，与甲基化状态有关的CTCF结合位点在正常细胞与肿瘤细胞之间结合模式显著分歧的趋向和特点 ，在肿瘤细胞中CTCF结合水平的减弱往往会伴随有DNA甲基化水平的加强趋向。这样 ，在系统生物学的理论领导之下 ，利用统合的生物信息学分析伎俩 ，就能够将沉要转录因子与染色质DNA之间的相互作用和染色质DNA甲基化这两个分歧档次的表观基因组学数据有机地整合在一路 ，从中获得创新性的钻研成就 ，既丰硕了真核基因表白调控的科学理论系统 ，又成功地筛选获取了新的影响组织分化和肿瘤产生的表观遗传靶点 ，拥有沉要的科学钻研意思和潜在的临床转化利用价值。
CCCTC结合因子(CCCTC-binding factor, CTCF)是一种宽泛存在于真核生物中的多职能转录因子 ，为进化上高度守旧的多锌指、DNA结合核蛋白。CTCF通过其锌指结构的分歧组合 ，能够选择性鉴别多种DNA序列 ，并形成分歧的CTCF-DNA复合体 ，阐扬对多个基因的表白调控作用 ，拥有启动子抑造和激活、基因寡言、加强子阻断、基因印迹调控、X染色体失活等多种生物学职能。CTCF通过靶基因来调控细胞的生理活动 ，在细胞成长、增殖、分化、凋亡、遗传、表观遗传以及肿瘤产生、发展等过程中起着沉要的调节作用。
文章链接：http://genome.cshlp.org/content/22/9/1680
图：染色质DNA甲基化状态影响多职能转录因子CTCF的结合
