基因组所章张钻研员实现开发RiceWiki数据库
近日,GA黄金甲章张钻研员课题组与北京理工大学、中国林业科学钻研院及华中农业大学合作开发实现RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台,是可编纂且内容公开的公家注解系统。钻研成就在Nucleic Acids Research杂志颁发。
水稻是人类沉要的粮食作物之一,同时也是钻研农作物及其他有关植物的沉要模式生物。因而,水稻成为第一个全基因组测序的农作物。随着水稻基因组学和转录组学钻研的深刻,先后出现了BGI-RIS,TIGR,RAP-DB和RGKbase等专业数据库。这些数据库多是依赖专业人员的编纂更新,不仅费时费劲,并且成本也逐步增长,导致其更新快率远远落后于水稻数据的指数增长。RiceWiki数据库的优势在于汇集整个水稻钻研领域的科研人员的智慧和力量,共同美满水稻基因的有关信息和数据更新,以期构建一部水稻基因的百科全书。
目前,RiceWiki已经整合了两个水稻栽培亚种的基因数据(O. sativa indica 93–11 和 O. sativa japonica Nipponbare),涵盖66000多个水稻基因的有关信息。水稻基因的原始资料重要起源于RefSeq (NCBI),Ensembl,RAP-DB和MSU Rice Genome Annotation Project。每个水稻基因的资料由注解信息、钻研该基因的有关尝试室以嘉拷寮文件和结构信息组成。
为相识决著述权的问题,RiceWiki还引入了作者嘉奖机造(AuthorReward),不仅能够评价基因注解信息的质量,还能够提高有关领域科研人员的参加度。RiceWiki允许注册用户随时创造,更新和批改水稻基因信息,显著的简化了资料网络,分析和整顿的过程,以适应生物学数据的爆炸式增长模式。
RiceWiki数据库

RiceWiki数据库截屏






