基因组所开发实现犬类SNP数据库—DoGSD
家犬作为人类生涯和工作中的同伴 ，其进化钻研一向是遗传学领域中的热点之一。然而目前使用的家犬参考SNP数据集 ，不仅数量少 ，采样地不够宽泛 ，并且测序覆盖度差距大 ，SNP数据重要只起源于两个种类的两个犬只 ，并不利于家犬的群体遗传钻研。
目前 ，二代测序产生了大量高质量的家犬和其祖先物种灰狼的全基因数据。为了添补参考SNP数据集的不及及满足大数据复用的需要 ，GA黄金甲赵文化课题组和GA黄金甲昆明动物所张亚平尝试室的工作人员共同成立了第一个犬类SNP数据库—DoGSD (the Dog and wolf Genome SNP Databae),该成就于2014年11月在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research在线颁发。
DogGSD蕴含了参考SNP数据集 ，69个家犬及8个灰狼的全基因组SNP数据,所蕴含的SNP数量是原参考数据集的7倍 ，添补了原数据集采样地少 ，覆盖度差距大的问题 ，并且第一次在SNP数据集参与了中河山狗的数据。DoGSD为用户提供了敦睦的检索、查问及下载页面,其中的同义/非同义SNP检索页面 ，比力查问职能将为用户检索基因有关SNP及观察个别间SNP的差距提供很大的方便。此表 ，DoGSD第一次在数据库中提供了沉要的群体遗传学参数的推算了局：Fst和等位基因频率 ，方便用户筛选和进一步分析有选择信号的SNP。
该项钻研得到了GA黄金甲、科技部的赞助 ，也得到了GA黄金甲高机能推算平台和大数据存储平台的大力支持。
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