GA黄金甲

　　 在从前的几十年中，人们往往使用高度守旧的基因家族进行系统进化分析，选取全基因组序列进行系统进化分析并不普遍。目前，基因而否进行序列的比对，分子系统产生树的构建分为两类。其中，不必要进行序列比对的步骤是凭据K-mer向量推算的距离矩阵进行系统进化分析，大量的钻研证实该算法是卓有成效的，尤其是对基因组中诸如蛋白编码序列等的特定区域。不仅如此，K-mer算法还在组学的其他方面，蕴含基因组组装、motif预测、沉复序列的鉴别以及基因组的复杂性评估等都受到了宽泛的关注；K-mer算法在组学中的沉要阐发，在这个大规；蜃槭菁本缍鸭氖逼，构建一个基于K-mer算法易于存储并且将大量基因组数据可视化处置的数据库十吩烊切。 

　　为此，GA黄金甲基因组科学与信息沉点尝试室于军组和英国伦敦大学学院（UCL）肿瘤钻研所王大鹏博士合作开发了一套基于K-mer算法的基因组组分分析数据库KGCAK。此项钻研于近期颁发在Biology Direct杂志。 

　　在这个数据库中，钻研人员网络了Ensembl、Phytozome和NCBI等几大主流基因组数据库中蕴含高档动植物、原生生物、真菌、细菌、病毒等在内的8000多个核基因组或者细胞器基因组，同时蕴含基因组分歧维度的序列，重要有DNA、cDNA、CDS、氨基酸和ncRNA序列。并且还别离推算和存储了核酸序列（K从2变动到10）和氨基酸序列（K从1变动到5）的K-mer向量，以方便进行分歧维度数据跨物种的系统产生树构建。此表，该数据库提供了评估分歧物种基因组复杂度的交互工具，重要蕴含基因组根基特点参数、K-mer向量的数学参数统计、频率散布、唯一性比率，以及二维和三维空间可视化分析基因组参数和K-mer参数的交互关系等。 

　　总的来说，该数据库通过捕获基因组序列特点并把基因组转化成更易于理解和可视化的数字K-mer向量，以期通过K-mer算法用可视化的图形和定量的数据构建一个比力基因组学的平台，将为系统产生树构建和通过基因组数据钻研物种关系提供优良的参照和指引。 

 　　KGCAK数据库中根基职能？榫倮