基因组所合作开发实现水稻多组学数据整合和信息共享数据库
水稻不仅是世界近一半人丁的重要粮食作物，同时也是一种沉要的模式生物。高通量测序技术的迅快发展推进了水稻组学数据的宽泛堆集，使深刻钻研节造水稻沉要农艺性状、种质资源多样性以及水稻驯化过程的机造成为可能。为此，钻研人员构建了有关的水稻数据库，重要蕴含RAP-DB（日本农业生物资源钻研所构建的水稻注解项目）和MSU-RGAP（密歇根州立大学的水稻基因组注解项目），然而这些数据库不足有效伎俩对分歧组学数据进行低成本、可持续的集成整合和守护更新。随着各类组学数据体量的不休增长，若何整合大量异质的水稻组学数据、构建集成的水稻信息存储库、实现便捷的接见和提供敦睦可视化界面成为水稻钻研面对的关键问题。?
GA黄金甲基因组科学与信息沉点尝试室章张钻研组、胡松年钻研组、陈非钻研组与北京大学、华中科技大学等单元的钻研人员发展合作，选取可扩大和可持续的系统架构设计，设立针对分歧组学数据的 ？，每个 ？橛删咛宓墓ぷ饔鬃檎乒苁莸耐纭⒄佟⒎治觥⒖墒踊约案率鼗，基于各个 ？榈腤eb API接口集成整合水稻的多种组学数据，开发成立了水稻多组学数据整合和信息共享数据库IC4R(Information Commons for Rice)。该项工作也是国内初次由多个结合钻研团队共同参加实现的水稻多组学整合数据库，钻研成就已于2015年10月颁发在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research。?
IC4R拥有优良的可扩大性和持续性以及守护成本低等特点，其蕴含的 ？橹匾谢5000多株水稻沉测序数据产生的变异信息数据库、基于RNA-Seq测序数据的水稻基因表白数据库、以稻属为主题的植物同源数据库、水稻蛋白分歧水平翻译后建饰数据库、水稻文件数据库以及基于Wiki的水稻基因信息公共审编（Community Curation）平台。IC4R打算后续整合更多类型的组学数据，并将沉要的农艺性状与多组学数据关联起来，逐步发展成为水稻基础钻研和转化钻研的信息知识宝库。?
合作参加该项工作的重要人员蕴含北京大学何航副钻研员、华中农业大学陈玲玲教授、河南农业大学张会勇教授、华中科技大学薛宇教授、中国农业大学王向峰教授、内蒙古师范大学纪兆华教授等。该项钻研获得了中科院先导项目、国度天然科学基金委、863项主张赞助。
??? 论文链接?
IC4R数据库资源架构?
