北京基因组所升级开发进化树可视化和注解工具EvolView
进化树是反映物种之间进化关系的常用可视化工具,用来暗示分歧物种亲缘关系的远近。为方便钻研人员急剧解读进化树中所蕴含的信息,基因组科学与信息沉点尝试室胡松年组于2012年开发了进化树可视化和注解工具Evolview。该软件支持多种常用进化树体式(如newick, nexus, nhx等),并支持以多种方式对进化树进行注解,好比将注解信息显示为“饼图”、“条形图”等。
近期,在Evolview原有注解职能基础上,该团队增长了7种新的注解,蕴含点阵图、热图、分组标签等。此表,Evolview还提供5个个性化的展示案例,每个展示案例综合利用了多种新的注解工具对进化树进行解读,方便钻研人员熟悉新的注解工具,赋予进化树更多的生物学意思。该成就于4月30日在Nucleic Acids Research 杂志在线颁发,基因组科学与信息沉点尝试室的胡松年钻研员与客座钻研员陈卫华博士是该篇文章的共同通讯作者。
自2012年颁发以来,Evolview受到多多用户的迎接。目前为止,共有2500个用户上传了12000个进化树和8600个注解文件,月活跃用户、上传数据量和引用次数都在持续增长。目前每月约莫有200名活跃用户,上传550个进化树和450个注解文件。该工具为科研人员进前进化生物学、盛行病学以及物种分类钻研提供了极风雅便。
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Evolview新增的7种注解工具示意图
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