北京基因组所表观基因组数据库MethBank 3.0颁布
近日，GA黄金甲性命与健全大数据中心表观基因组数据库—Methbank升级版，以“MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线颁发。3.0版在原有基础上整合了多个物种的数百个高质量DNA甲基化组并为用户在线浏览、查问与可视化甲基化数据信息提供了敦睦的界面。
DNA甲基化作为表观建饰的沉要组成部门，在人类疾病与衰老、动物胚胎发育以及植物成长发育过程都起着沉要作用。Methbank 3.0整合了大量DNA甲基化数据，对系统索求DNA甲基化特点拥有沉要意思。Methbank 3.0收录了4,577个健全人表周血样本的450K芯片数据，编审成34个分歧春秋组的参比甲基化组（consensus reference methylomes，CRMs），并提供了分歧春秋组健全人基因组胞嘧啶位点甲基化水平的散布领域，整合了5个沉要经济作物（水稻、大豆、木薯、菜豆和番茄）分歧发育阶段多个组织的336个单碱基精度甲基化组（single-base resolution methylomes，STMs）和两个模式动物（斑马鱼和幼鼠）的配子与早期胚胎发育的18个单碱基精度甲基化组。相迸宗之前版本，MethBank 3.0进行了越发具体、系统的注解与分析，鉴别了692个春秋有关甲基化位点、2,371个与春秋无关的位点、304,886个差距甲基化启动子（DMPs）、53,680个春秋特异的甲基化位点（age-specific DMCs）、1,716个春秋特异的甲基化区域（age-specific DMRs）以及693,825个甲基化的CpG岛。此表数据库还提供了两个分析工具（Age Predictor和IDMP）别离用于预测人的甲基化春秋和鉴别差距甲基化启动子。
Methbank 3.0建设了敦睦的浏览、查问与可视化职能，用户可通过基因ID／symbol、基因组地位等检索甲基化信息，浏览指定物种差距甲基化启动子或高甲基化CpG岛，通过ftp下载所有有关注解数据与分析了局。
该钻研得到了GA黄金甲战术性先导科技专项、GA黄金甲国际合作打算、国度科技攻关打算、国度863打算等项目基金的赞助。
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