GA黄金甲

　　近日，由基因组所开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）数据库LncBook正式上线。该项钻研成就以“LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线颁发。 

　　近年来，有关lncRNA的钻研一向是国际热点，钻研批注，lncRNA在多种生物过程中阐扬了沉要作用并与疾病的产生亲昵有关，但lncRNA的注解信息及质量仍远远落后于蛋白编码基因。LncBook数据库不仅提供了丰硕的高质量人类lncRNA数据集，还进行了大规模的多组学数据分析，以及系统的职能与疾病注解，为职能尝试钻研及生物信息学分析提供了大量可用信息与数据。 

　　基于严格的审编尺度，LncBook整合已有lncRNA数据并鉴定新的lncRNA，共获得270,044个lncRNA转录本。在此基础上，LncBook在lncRNA表白、甲基化、变异、miRNA-lncRNA相互作用这些多组学层面进行大规模深档次的数据分析。在表白层面，绘造lncRNA在32或者53种正常人类组织中的表白图谱，并鉴定出49,115个高度组织特异（tissue-specific）和819个持家（housekeeping） lncRNA；在甲基化层面，构建lncRNA在9种癌症中正常与癌症状态下的promoter及body区的甲基化图谱；在变异层面，基于dbSNP数据库SNP位点注解lncRNA区域92,725,757个SNP最幼等位频率（基于千人基因组数据）、ClinVar与COSMIC疾病关联信息；预测了128,392,451个lncRNA-miRNA的相互作用条款。上述的了局以图或表的大局展示在LncBook数据库中，有关信息均可免费下载；谝陨鲜，LncBook还预测了97,998个潜在的疾病关联lncRNA。此表，在LncRNAWiki的基础上LncBook对1,867个文件报路lncRNA进行了系统的职能与疾病信息注解。 

　　LncBook作为沉要的lncRNA资源库，提供了目前为止数据量最为丰硕的人类lncRNA数据。作为LncRNAWiki数据库的补充，LncBook具备敦睦的查问、浏览与可视化职能。用户可通过ID／symbol、职能、疾病名称等检索lncRNA信息，浏览指定lncRNA的多组学信息，并通过ftp下载所有有关注解信息与分析了局。此表，LncBook还提供了可用于lncRNA序列比对、分类、编码能力预测等钻研的工具，方便在线分析。 

　　该钻研与沙特阿卜杜拉国王科技大学（King Abdullah University of Science & Technology，KAUST）Vladimir Bajic教授合作发展。钻研得到了GA黄金甲战术性先导科技专项、GA黄金甲国际同伴打算、GA黄金甲“十三五”信息化专项等基金赞助。 

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