GA黄金甲

   近日
，由GA黄金甲（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）表白数据库LncExpDB正式上线。该钻研成就以“LncExpDB: an expression database of human long non-coding RNAs”为题在国际学术期刊《核酸钻延追（Nucleic Acids Research）在线颁发。

　　LncRNA通过复杂多样的分子机造阐扬沉要调控职能
，在多个生物学过程以及疾病产生发展中均阐扬沉要作用。目前
，人类基因组中已鉴定出十万多个lncRNA基因
，但有职能钻研的仅罕见千条
，因而全面注解lncRNA职能是人类基因组钻研的沉要内容和巨大挑战。近年来
，高通量测序技术的迅快发展推进了正常组织、疾病、胚胎发育、器官分化、病毒侵染、亚细胞区室等多种生物学场景的钻研
，堆集了丰硕的组学数据
，尤其是转录组测序数据
，为从多角度发现和钻研lncRNA的生物学职能提供了沉要的数据基础与钻研思路。 

　　LncExpDB数据库致力于提供多生物学场景的lncRNA表白谱
，鉴定拥有潜在职能的lncRNA
，推进lncRNA的职能尝试钻研。在LncBook数据库构建的人类lncRNA数据集基础上
，钻研人怨佧合CHESS、RefLnc、FANTOM等10余个专业数据库鉴定的lncRNA
，基于严格审编尺度
，获得全面的高质量人类lncRNA参考数据集
，蕴含101,293个基因／33,1244个转录本。LncExpDB数据库进一步整合9种沉要生物学场景（正常组织/细胞系、器官发育、植入前胚胎发育、细胞分化、亚细胞定位、表泌体、癌症细胞系、病毒侵染、昼夜节律）的1,977个样本的转录组数据
，通过尺度化的转录组数据分析流程
，系统分析并鉴定每种生物学场景的特点基因（管家基因／组织特异性基因、差距表白基因、节律基因、动态表白基因、亚细胞区室富集基因）集中
，共计25,191个特点lncRNA基因和28,443,865对有关的lncRNA-mRNA共表白关系。此表
，LncExpDB鉴定了拥有表白证据支持的92,016个lncRNA基因
，评估了lncRNA的表白水平与表白潜力。 

　　LncExpDB数据库具备敦睦的检索、浏览与可视化职能
，方便用户通过分歧基因／转录本ID、基因symbol进行检索和浏览
，索求特定生物学场景下特点基因与共表白关系
，全面比力lncRNA在分歧生物学场景中的职能差距
，提供FTP下载所有有关注解信息与分析了局的盛开共享职能
，为非编码RNA职能钻研提供了沉要数据基础和共享平台。 

　　北京基因组所（国度生物信息中心）硕士钻研生李昭和博士钻研生刘琳为本文共同第一作者
，马利娜副钻研员与章张钻研员为共同通讯作者。该钻研得到了中科院战术性先导科技专项、国度沉点研发打算、中科院青促会等项目赞助。 　　 

 　　 　　LncExpDB数据审编与分析流程 

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