北京基因组所(国度生物信息中心)颁布更新版新型冠状病毒信息库2019nCoVR
2020年12月28日,GA黄金甲(国度生物信息中心)抗疫攻关团队在国际学术期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在线颁发题为“The Global Landscape of SARS-CoV-2 Genomes, Variants, and Haplotypes in 2019nCoVR”的文章,系统介绍新型冠状病毒(简称新冠病毒)信息库2019nCoVR更新版重要内容。
2019年12月底新冠病毒肺炎疫情暴发,为支持国内表科学钻延注疫情防控等工作,国度生物信息中心率先成立抗疫攻关团队,发展新冠病毒基因组信息整合与变异注解分析,于2020年1月22日颁布新冠病毒信息库2019nCoVR。这一工作被写入国务院新闻办公室颁布的《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书。初版数据库颁布之后(有关文章于2020年2月12日在《遗传》杂志中文版颁发),抗疫攻关团队不休优化改进变异注解与分析步骤,丰思满数据库职能。
2019nCoVR网络整合国内表多个数据库的新冠病毒基因组数据,提供实时、全面的新冠病毒基因组元信息、数据质量评估、全球散布与统计等,通过人为审编和自动化质量评估,补充增值注解信息。在此基础上,2019nCoVR分析高质量的全长人源病毒基因组数据,注解新冠病毒基因组变异,获得全球领域内新冠病毒基因组变异图谱,基于采样功夫和国度进行变异动态展示并构建单倍型网络,监测新冠病毒的时空传布。
截至2021年1月4日,2019nCoVR数据库已为全球175个国度/地域的近20万用户提供数据服务,接见量超50万次,累计数据下载超过2.2亿条,有效支持了北京新发地疫情分子溯源、巴基斯坦国内新冠病毒传布演化分析等工作,在全球抗疫过程中阐扬了沉要作用。
北京基因组所(国度生物信息中心)的宋述慧和马利娜副钻研员,以及邹东、田东梅、李翠萍、朱军伟工程师为该文共同第一作者,鲍一明钻研员、薛勇彪钻研员、赵文化正高级工程师、章张钻研员为该文共同通讯作者。本钻研得到了国度科技部沉点研发打算,以及中科院战术先导专项、信息化专项、青促会等项目支持。

单倍型网络与谱系散布(截至2020年7月14日)。A. 单倍型网络动态显示单倍型(I)在列国(II)和随功夫(III)的发展情况;B. 9大谱系结构图;C. 9大谱系关系示意图;D. 9大谱系在各大洲的比例散布;E. 9大谱系与SLG分类之间的关系。






