GA黄金甲

　　近日
，GA黄金甲（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表白图谱数据库（CancerSCEM）正式上线。该钻研成就以“CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线颁发。

　　单细胞分辨率的全转录组测序技术（scRNA-seq）拥有钻研细胞异质性的显著优势
，已成为钻研肿瘤微环境、癌症发病机造、转移与侵袭以及各类癌症医治与诊断不成或缺的伎俩。截至2021年11月
，PubMed已有超过1300个癌症有关的单细胞转录组学钻研
，极大提升了我们对人类癌症产生发展的理解
，推动了癌症临床诊断与医治的过程。大规模癌症scRNA-seq数据在从前十年中出现爆炸式增长
，火急必要对这些数据进行规范化整合与处置
，对各类癌症的肿瘤微环境进行深刻挖掘与比力分析。为应对这一需要
，国度基因组科学数据中心钻研团队开发了CancerSCEM数据库。

　　CancerSCEM 1.0版本整合分析了208个癌症scRNA-seq数据集
，涵盖肺腺癌（LUAD）、结肠直肠癌（CRC）、恶性胶质瘤（GBM）等在内的20种人类癌症类型。通过尺度化分析流程处置
，获得了精确的细胞类型注解信息。在此基础上
，团队还发展了一系列附加分析
，蕴含分歧细胞类型间基因差距表白分析（可为新型标志物筛选提供参考）、细胞表表受体-配体基因对表白谱、样本内细胞互作网络构建等
，可为用户提供越发丰硕的肿瘤微环境有关信息
，并发展了基于TCGA表白数据与临床信息的生计分析。

　　数据库为用户提供浏览、多沉检索、在线分析及下载等服务职能
，用户可选取首页的急剧检索、词云及精确检索等蹊径查问感兴致的癌症单细胞数据集或样本。如点击词云里的基因名“HLA-A”或通过搜索框输入
，均可触发数据库查问职能
，并实时获得指标基因的具体信息及其在单细胞层面与细胞群体（组织）层面的表白散布信息。为方便临床有关用户的使用
，团队共审编获得36个常用免疫查抄点分子（如PDCD1、CTLA4、LAG3、HMGB1等）并提供专门的搜索列表
，以援手各类癌症的临床免疫医治钻研寻找更优的医治靶点。

　　数据库还建设了一个交互式综合在线分析平台
，共集成2个分析？橛7个分析职能。通过基因分析？
，用户可发展四个方面的实时辰析及可视化展示：1）样本内指标基因的整体表白概况；2）样本内基因在分歧细胞类型间的表白比力；3）基因表白有关性推算及筛；4）208样本中单细胞或bulk层面的基因表白比力。通过样本分析？
，用户可进行1）样本间细胞组成比力；2）样本内细胞互作网络构建以及3）基于TCGA的生计分析。该分析平台将为用户发展个性化的癌症scRNA-seq数据挖掘提供敦睦的增值服务。

　　GA黄金甲（国度生物信息中心）助理钻研员曾瀞瑶、出格钻研助理张亚东及硕士钻研生尚云飞为本工作共同第一作者
，肖景发钻研员为通讯作者。本工作得到中科院战术性先导科技专项、国度天然科学基金、国度沉点研发打算等项目赞助。

CancerSCEM数据库在线分析平台的7个分析职能展示

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