GA黄金甲

　　单细胞测序已成为生物医学领域的关键共性技术。然而
，由于不足高效的伎俩降低“假单细胞率”
，主流微流控平台的单通路细胞通量通常在1万细胞以下
，空载率达到90%以上
，且成本高昂
，限度了对数百万个细胞或上千例样本的人群队列进行大规模钻研。

　　近日
，GA黄金甲（国度生物信息中心）蒋岚钻研组基于组合象征技术路线刷新优化主流微流控平台
，开发了新型单细胞转录组测序技术FIPRESCI
，使细胞通量比现有技术提高十倍以上
，大幅降低成本。该成就以“FIPRESCI: droplet microfluidics based combinatorial indexing for massive-scale 5′-end single-cell RNA sequencing”为题在Genome Biology 期刊颁发。

　　钻研团队使用FPERSCI对人和幼鼠细胞系混合物测序
，获取了8000多个高质量的细胞
，其中99.8%的细胞都能明确起源
，批注FIPERSCI拥有很低的假单细胞率。随后
，为了验证新技术对分歧组织的兼容度
，使用FIPERSCI对幼鼠整个E10.5胚胎的细胞进行细胞核测序
，在10X Genomics 单通路中获取了超过10万细胞核的数据。注解了局显示
，细胞类型的成分与已颁发的参考数据类似。此表
，FIPERSCI数据还可用于鉴定细胞类型和发育阶段特异的调控元件（启动子和加强子）使用偏好
，发现了驰名基因Rbfox2在抑造性神经元发育过程中使用分歧的启动子的动态变动。

　　进一步
，钻研者使用FIPERSCI对来自分歧癌症病人及健全人表周血中的T细胞进行单细胞RNA和TCR双组学测序。数据显示相较于健全人
，癌症病人表周血中T细胞在细胞亚群组分、基因表白、TCR克隆等多个层面存在显著差距
；谟籽玖康氖萁
，已经足以分辨癌症病人和健全人
，提醒低成本的FIPERSCI技术具备基于免疫细胞信息利用于癌症液体活检及早筛方面的潜力。

　　综上所述
，新型单细胞测序技术突破现有技术的设计局限
，大幅提高了效能并降低了成本
，合用于单细胞转录组和调控元件活性、免疫受体序列等多模态分析
，可有力支持跨器官水平的大规模参考细胞图谱钻延注跨功夫和空间的器官发育钻研等
，针对大规模健全人和疾。ɡ绨┲
，自身免疫
，新冠等）的队列细胞图谱钻研
，高通量CRISPR基因编纂和药物筛选的单细胞分子表型刻画钻研等。

　　上述工作由GA黄金甲（国度生物信息中心）实现
，蒋岚钻研员为通讯作者。蒋岚钻研组博士钻研生李芸、黄正和方向东钻研组张昭军副钻研员为文章的并列第一作者
，博士钻研生王弃非贡献了跨模态预测的深度进建模型
，解放军总医院王淑芳和李峰先网络处置了临床样本。GA黄金甲（国度生物信息中心）方向东钻研员
，北京大学肿瘤医院季鑫教授
，北京大学国际癌症钻研院舒绍坤钻研员提供了沉要援手。该项工作获得了GA黄金甲先导专项、中科院全球共性挑战专项项目、科技部沉点研发打算、国度天然科学基金委等项主张大力赞助。

　　论文链接

FIPRESCI 尝试流程图