GA黄金甲

　　克日，GA黄金甲（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心相助开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究效果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线揭晓。

　　空间转录组测序手艺的生长彻底改变了我们对重大组织的明确，推动生命和康健科学进入空间组学时代？占渥甲槭莸募ぴ黾毙枰桓鲇没в押玫氖菘庀低，以便于轻松会见数据，并举行可视化和个性化剖析。为此，鲍一明研究团队和偏向东研究团队开发了CROST资源库，为研究职员提供了一个较为完善的空间转录组资源系统。

　　CROST应用标准化处置惩罚流程整合了182个高质量的空间转录组数据集，涵盖8个差别物种、35种组织类型和56种疾病的1033个子数据集。针对单个样本提供了周全的生物信息剖析，包括空间变异基因（SVG）剖析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯剖析和功效注释等。CROST通过集成空间转录组、经典转录组、表观基因组和基因组的数据周全剖析了肿瘤相关SVG，是用户（尤其是临床医生）快速评估特定癌症类型中基因表达水平、甲基化水平、拷贝数变异以及预后的名贵工具。别的，数据库提供了一个用于可视化、空间通讯、空间共定位和细胞类型相关性的交互式情形。CROST还开发了一个专为空间转录组剖析而设计的一站式剖析平台，旨在资助用户纵然不具备任何编程手艺也可举行空间转录组剖析。

　　作为空间转录组的综合资源存储库，CROST在整合来自差别物种、组织和疾病的空间转录组数据方面施展着要害作用，通过其周全的空间转录组剖析能力，CROST将为研究职员提供对组织结构、器官发育和疾病爆发的深条理明确，增进研究职员展现空间基因表达模式的重大性，增进对生物系统的熟悉，从而推动空间转录组学领域的重大突破。

　　北京基因组研究所（国家生物信息中心）博士研究生王国梁、吴松和福州大学副教授熊壮为本文配合第一作者，北京基因组研究所（国家生物信息中心）渠鸿竹副研究员、偏向东研究员和鲍一明研究员为配合通讯作者。该研究获得国家重点研发妄想、国家自然科学基金项目、IUBS 开放生物多样性和康健大数据妄想等项目资助。

CROST内容提要

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