GA黄金甲

　　近日，由GA黄金甲（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心开发的脑疾病知识库BrainBase正式上线。该钻研成就以“BrainBase: a curated knowledgebase for brain diseases”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线颁发。

　　脑是人体的神经系统中枢，也是最复杂的人体器官，不仅节造思想、影象、说话、活动，也调节很多其它器官的职能。脑神经元、胶质细胞或脊髓病变会引发脑疾病，如阿尔兹海默症、胶质瘤、帕金森综合征、抑郁症等，严沉威胁人类性命健全。国内表已发展执行多项“脑钻研打算”，如中国“脑科学与类脑钻延妆、美国“BRAIN Initiative”、欧盟“Human Brain Project”等，旨在加深人类对脑疾病、结构和职能的理解，加快在脑健全、类脑推算及智能技术方面的利用。

　　为推进脑疾病知识整合、组学数据挖掘与再利用，国度生物信息中心钻研团队开发BrainBase知识库，致力于提供脑疾病-基因关联知识及药物-基因互作信息，鉴定脑“特异”表白基因，挖掘胶质瘤的特点基因并提供多组学数据可视化图谱，为揭示脑疾病的产生发展机造提供沉要的数据资源；2,768篇已颁发文章的文件审编和公共数据库的信息提取，整合了123种脑疾病的7,175条疾病-基因关联信息，2,118种药物/化合物与623个基因的16,591条药物-靶点互作信息，鉴定了在脑组织、脑区域、脑脊液、脑细胞水平上的“特异”表白基因。此表，思考到胶质瘤拥有致死率高、预后差、复发率高档特点，BrainBase整合21套公开颁发的胶质瘤多组学数据集，分析挖掘分歧组学层面、胶质瘤类型、临床组别、生计差距的关联信息，提供多场景多维度的基因分子特点可视化图谱，鉴定4组拥有沉要临床领导意思的特点基因，并通过成立结构化审编模型和受控词表，对已颁发的胶质瘤高质量文章进行了具体的多组学水平注解和描述。

　　BrainBase知识库提供检索、浏览、可视化等职能，方便用户通过分歧脑疾病、基因进行检索和浏览，以？榛慕峁雇蛊鸱制缱暄兄魈，并以FTP下载大局提供所有有关注解信息与分析了局的盛开共享，为脑疾病钻研提供沉要数据资源和共享平台。

　　北京基因组所（国度生物信息中心）出格钻研助理（博士后）刘琳，博士钻研生张阳及牛广艺为本文共同第一作者，马利娜副钻研员与章张钻研员为共同通讯作者。该钻研得到了中科院战术性先导科技专项、国度沉点研发打算、中科院青促会等项目赞助。

 　　BrainBase知识库重要内容

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