GA黄金甲

　　近日，由GA黄金甲（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）知识库LncRNAWiki 2.0正式上线。该钻研系统介绍了LncRNAWiki更新版重要内容，并以“LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线颁发。

　　LncRNA通过复杂多样的分子机造阐扬沉要职能，在多个生物学过程阐扬沉要作用，与人类疾病的产生发展亲昵有关。LncRNAWiki是一个基于MediaWiki框架开发的人类lncRNA群体审编知识库，最初注解了86个文件报路的lncRNA。尔后，钻研团队每年持续增长新的职能性lncRNA并丰硕lncRNA注解。截至2020年，LncRNAWiki已蕴含2,056个职能性lncRNA的注解信息，为相识lncRNA的职能和钻研进展提供了沉要的资源平台。

　　为方便数据结构化治理及统计查问，LncRNAWiki 2.0大幅提升了系统框架，并成立了尺度化审编模型。具体来说，2.0版重要基于MySQL/Java构建，结构化展示职能性lncRNA的10类注解信息，实时统计多种关键内容的钻研进展，支持注册用户凭据审编模型在线提交/编纂/更新lncRNA有关知识，并基于审编知识和生信分析了局预测lncRNA职能。在群体审编方面，提供了蕴含分子特点、临床关联、靶基因、调控因子、尝试样本、生物学职能、CRISPR尝试、文件等10类内容的系统性审编模型，支持结构化审编注解。为确保审编质量，增长了专业审核环节，且任何用户均可汇报lncRNA页面上的注解谬误。

　　目前，LncRNAWiki 2.0共蕴含2,512个lncRNA的106,242条知识关联信息，这些关联知识重要来自于对16个专业数据库信息的尺度化整合审编；谌娣崴兜淖⒔，在统计页面为钻研人员提供实时的lncRNA职能图谱，例如凭据现有注解可知70%以上的lncRNA钻研集中在疾病方面，在肝癌、白血病、结直肠癌中的钻研较多；MALAT1、HOTAIR、H19等被报路较多，拥有丰硕的职能注解信息；lncRNA的定位钻研重要集中在表泌体、细胞核中；帕比司他、顺铂和多西紫杉醇三种药物与lncRNA的关联钻研较多。所有有关知识在Browse页面均可一键免费下载。

　　LncRNAWiki 2.0数据库具备敦睦的网页界面，方便数据治理，蕴含数据提交、编纂、审核、谬误汇报，以及浏览、搜索、下载和统计，提供了多种在线工具，用于lncRNA ID转换、序列比对和职能预测，助力挖掘新的lncRNA职能，有望成为lncRNA职能注解和钻研的沉要资源平台。

　　北京基因组所（国度生物信息中心）出格钻研助理刘琳，博士钻研生李昭和硕士钻研生刘畅为本文共同第一作者，马利娜副钻研员与章张钻研员为共同通讯作者。该钻研得到了中科院战术性先导科技专项、国度沉点研发打算、中科院青促会等项目赞助。

 　　LncRNAWiki 2.0知识审编流程与重要内容

　　文章链接