北京基因组所（国度生物信息中心）合作钻研揭示地中海涡虫再生时空转录组法规
近日，GA黄金甲(国度生物信息中心)杨运桂钻研组、蔡军钻研组和GA黄金甲数学与系统科学钻研院张世华钻研组合作在Nature Communications 杂志上颁发了题为“Spatiotemporal transcriptomic atlas reveals the dynamic characteristics and key regulators of planarian regeneration”的钻研论文，绘造了地中海涡虫再生过程中的三维空间转录组图谱和单细胞转录组图谱，系统鉴定了多个再生关键调控因子。
在该钻研中，合作团队首先绘造了拥有壮大再生能力地中海涡虫六个分歧再生时期的空间转录组和单细胞转录组图谱，并构建了各类细胞类型和组织类型的空间三维散布模型。通过解析全能干细胞亚群的分化轨迹，鉴定到一类以osr2象征的新多能细胞亚群，并且观察到在辐射处置下，敲低osr2的涡虫出现延长再生表型。与此同时，为了进一步挖掘影响涡虫再生的关键基因，利用构建的三维空间模型，系统地解析了拥有空间及细胞特异性散布的基因表白？，确定了与伤口区域或极性（背腹侧或前后轴）有关的多个特点？。除了已报路的再生必须基因，如runt-1和egr2等，进一步发现了多个拥有类似空间表白散布的新空间特异基因，如smed29842和smed5347等。除此之表，还发现了多个在伤口部位富集表白的新肌肉DV象征基因，如atx1l和six6等。为相识析调控干细胞职能的关键基因，对与干细胞空间散布一致的基因？榻辛松羁套暄，发现处在基因调控网络关键节点的plk1缺失会导致涡虫再生齐全碰壁，并导致再生过程中新生细胞及其衍生的祖细胞数量削减。此表，还发现涡虫特有的nb0353和nb3006缺失同样会导致涡虫再生碰壁，为钻研涡虫和哺乳动物再生能力差距的原因提供了参考。
综上所述，该工作绘造了涡虫再生有关的细胞组分、基因表白、关键调控因子和信号通路的三维空间动态图谱，成立了交互式网站STAPR,援手用户查问和解析再生关键因子和数据。
该钻研得到了来自科技部、国度天然科学基金委和GA黄金甲等项主张赞助。
地中海涡虫三维空间与单细胞转录组图谱
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