GA黄金甲

近日，国度生物信息中心开发的癌症单细胞表白图谱数据库CancerSCEM 2.0正式上线。该钻研内容以“CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research?在线颁发。

近年来，单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术不休改革，相应的生物信息学分析工具也出现蓬勃发展态势，有力支持了钻研人员将scRNA-seq数据转化成生物学或医学有关信息。scRNA-seq技术已宽泛利用于肿瘤学钻研，通过鉴定分歧细胞亚群、分解肿瘤微环境以及表征单细胞基因表白变动，援手钻研人员深刻理解复杂的肿瘤生物学。此表，癌症的代谢沉编程钻研近几年逐步鼓起，作为癌症的主题生物学标志之一，已有很多代谢靶向药物进入临床试验阶段。因而，对海量癌症scRNA-seq数据进行尺度化整合分析对于更好地支持癌症有关钻研以及临床利用至关沉要。自2022年初次颁布以来，CancerSCEM数据库在癌症样本的单细胞基因表白定量、细胞类型精确注解以及免疫反映钻研等方面得到了宽泛利用。

CancerSCEM 2.0版本于2024年6月公开上线，共收录1,466套癌症有关scRNA-seq数据集及其尺度化分析了局，涵盖127个钻研项目、74种人类癌症类型以及8种单细胞测序步骤，并初次纳入正常组织样本与健全的表周血样本，可用作正常对照支持用户发展下游比力分析。CancerSCEM 2.0从多个层面进一步加强了数据分析及可视化职能，首先在转录组层面新增了基因组拷贝数变异评估（inferCNV）、转录因子富集（pySCENIC）、拟时序构建（monocle2）以及7项沉要生物学特点打分（毒性、炎症、压力等）,所有分析了局均可通过交互式分析平台获取。同时，发展了以样本为单元的168个代谢
？楹34个KEGG代谢通路的单细胞代谢通量揣度、跨细胞类型代谢动态变动追踪以及代谢有关性评估等分析内容，并设置全新的代谢浏览页面为用户提供系列可视化分析了局。此表，与1.0版本相比，CancerSCEM 2.0整合了来自33个TCGA癌症钻研项目涵盖11,167名患者的基因表白数据，进一步提升了数据库在细胞群体水平的基因表白概览以及在线生计分析职能。

CancerSCEM2.0数据库提供以scRNA-seq数据集为主题单元的网站系统，建设用户敦睦的数据浏览、检索、可视化及下载职能。除1.0版本的GENE与SAMPLE
？橐员，CancerSCEM 2.0对交互式在线分析平台进行了系统升级与扩大，重新研发和部署了两个全新的分析
？椤狢ELL与METABOLISM，二者将别离提供新增的4项转录组分析与3项代谢有关分析职能，均可实现秒级此外实时辰析及可视化。用户可借助此平台发展多维度定造分析，深刻索求新的潜在有效的癌症类型特异或细胞类型特异的生物标志物。

国度生物信息中心高级工程师曾瀞瑶、博士钻研生聂致、尚云飞、麦嘉琳为本文共同第一作者，肖景发钻研员为通讯作者。该钻研得到了GA黄金甲青年创新推进会、GA黄金甲战术性先导科技专项以及国度天然科学基金的赞助。

论文链接

CancerSCEM 2.0 数据尺度化处置与数据库职能
？楦爬